Es la modalidad de liquidación que se realiza mediante la expedición de un acto administrativo (Resolución) mediante el cual el Ministerio fija el balance de ejecución técnica y el estado financiero del contrato/convenio tras su ejecución. La liquidación unilateral requiere el agotamiento previo de la oportunidad de liquidar de mutuo acuerdo, y que el contratista/conviniente no haya concurrido pese a ser convocado o notificado o cuando no se logre un acuerdo respecto a  los términos concretos de la liquidación.