Ecosistema Científico: Es una estrategia dirigida al mejoramiento de la calidad de las Instituciones de Educación Superior colombianas, mediante la conformación de alianzas que impulsen el desarrollo regional y respondan a los retos del desarrollo social y productivo del país. Este propósito se logra al financiar programas de I+D+i elegibles, en los focos estratégicos establecidos, con resultados perdurables y sostenibles en el tiempo. 
 
Financiación de Proyectos: Es la estrategia que mediante convocatorias específicas promueve la investigación científica y el desarrollo de proyectos y programas en las líneas de cada uno de programas nacionales. Debe garantizar que la investigación establezca nexos con las prioridades y necesidades identificadas en diferentes áreas y sectores del país, con criterios de calidad y pertinencia con respecto al avance científico nacional e internacional. Igualmente, establecer alianzas con otros actores del Sistema permite dar respuesta a las demandas de CTeI y apalancar las capacidades del SNCTeI.
 
Publindex:Es el Sistema Nacional de Indexación y Homologación de Publicaciones Especializadas de Ciencia, Tecnología e Innovación que evalúa y clasifica las revistas científicas nacionales. Su objetivo es ponerse a tono con los más recientes avances conceptuales y metodológicos para valorar el impacto de la producción científica, actualización que permitirá a la comunidad científica nacional ganar nuevos espacios y audiencias para los resultados de su actividad investigativa. 
 
Ética de la investigación, Bioética e Integridad Científica: Es una apuesta estratégica que busca generar una cultura que promueva y oriente la reflexión colectiva, participativa y plural sobre los procesos de ciencia, tecnología e innovación que se desarrollan en Colombia, en todas las áreas del conocimiento, de manera que garanticen su calidad y pertinencia.